El Sidonia comienza la operación destinada a acabar con la gran nave compuesta, pero se mete de cabeza en una batalla contra unos Gauna con los que se topa fortuitamente. Nagate y el cuerpo fusionado Tsumugi Shiraui se dirigen a toda velocidad al campo de batalla con la intención de salvar a Izana, que se ha visto sorprendida por el enemigo durante una misión de reconocimiento. Ahí espera su Némesis, un Gauna con un poder excepcional. ¡Un gravísimo peligro se cierne sobre el Sidonia!

Takeo Gouda es un estudiante de primer año de bachillerato, pero no es el estudiante típico que solemos ver en mangas shojo. A saber: pesa 120 kg y mide 2 metros de altura (!!!). Quien sí parece el típico prota de mangas shojo es el amigo de la infanciua de Takeo: Sunagawa, que es tan guaperas como insensible respecto a todas las chicas que están a sus pies. Los días transcurren plácidamente hasta que de repente, una mañana, en su viaje cotidiano en tren hacia el instituto, Takeo salva a una chica llamada Yamato de ser abusada por un pervertido. ¿Será éste el inicio de la primavera del amor para Takeo?

¿Habéis sentido nunca esa sensación de tranquilidad y libertad al salir por la noche cuando todo el mundo está descansando? Eso es lo que vive Kou Yamamori cada noche cuando el insomnio no le deja pegar ojo. Siendo un buen estudiante, pero incapaz de entender y manejar los sentimientos y harto de guardar las apariencias, decide dejar el instituto.